基督教在南雄有中华信义会和浸信会2个教派。
信义会于1880年2月24日，由德国牧师雷起力、何迈贤在修仁建巴陵会德华福音堂，相继有德国牧师陶威治、韩范士等人到南雄传教，兴办德华小学。1937年，福音教堂迁至市区，改名中华信义会。1945年9月，美国传教士接管中华信义会，南雄信义会由牧师马达经接管。至1949年，先后发展教徒124名。
南雄浸信会于1923年由美国山德士牧师传入，先在市区小东门八字街租铺一间为堂址，1931年迁至中山街，1934年7月又迁至打石街。至1949年，先后发展教徒19名，其中发教徒9名。1951年3月，该会因经济困难，与信义会合并。
1985年12月7日成立南雄基督教三自爱国会筹备小组。1987年全市有基督教徒59名。1995年夏，教徒在市区洋汾水路口处兴建一座福音堂。
